顧若虛

長聘教軌副教授

  • 電話:+86-021
  • 郵箱:mircial@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市閔行區東川路800號綜合實驗大樓3號樓(葉傑全樓) 522
  • 長聘教軌副教授,博士生導師。研究方向:計算機輔助藥物設計😱、生物大分子模擬方法開發👅、膜生物物理。相關工作:https://www.researchgate.net/profile/Ruo-Xu-Gu-2/research 。 課題組長期招聘博後、研究助理與訪問學生🈺,歡迎郵件聯系

學術經歷

  • 2020-今      EON体育4 長聘教軌副教授
  • 2018-2020  德國 馬克斯·普朗克生物物理化學研究所,博士後
  • 2014-2018  加拿大 卡爾加裏大學, 博士後
  • 2007-2014  EON体育4 生物醫學工程 博士
  • 2003-2007  EON体育4 生物信息學 學士

研究方向

膜生物物理與藥物遞送

細胞膜是由多種多樣的膜蛋白與數以千計的不同種類的磷脂分子所組成的🖐🏽,它表現出高度的復雜性:a🐺,磷脂分子的種類很多,最保守的估計也認為有幾千種↕️;b🧖🏿‍♂️,磷脂分子的分布是不均勻的☝🏿,他們自發聚集⛴🐬,形成納米尺度的微觀結構(比如脂筏模型);c,脂雙層兩側的磷脂組成不同🕴🎺。由於其結構的復雜性與高度動態性,實驗研究面臨較大困難😙,而分子模擬技術可以探究其原子尺度的結構細節,已經成為研究生物膜體系的必不可少的工具。

此類問題在兩個方面與藥物遞送相關:1,藥物分子需要穿過膜🪈,才能抵達其發揮作用的靶點;2,通過將藥物分子包裹在脂質體中🏄🏿‍♂️,可以將一些性質較為特殊的小分子或者生物大分子遞送到靶點(比如RNA疫苗)。

EON体育4平台通過全原子尺度和粗粒度尺度的分子動力學模擬👧🏼,研究生物膜的結構與功能(比如其相分離機製👉🏿、納米尺度微觀結構的形成🥚、膜性質對蛋白結構與功能的影響等)👩‍👩‍👧‍👦,藥物分子與生物膜的相互作用、脂質體完成藥物遞送的分子機製等🤠;EON体育4平台還開發一些適用於生物膜體系的多尺度模擬的力場與方法。

圖3. 分子模擬技術揭示的不同組分的生物膜發生相分離的過程(JACS)💪。

 

離子通道與藥物設計

1,鉀離子通道:鉀離子通道廣泛分布於人類多個組織與器官♙,與神經系統、心血管系統的多種疾病相關,是重要的藥物靶點。EON体育4平台通過分子模擬技術以及數據驅動的生物信息學方法研究鉀通道蛋白家族成員,主要方向包括以鉀通道為靶點的計算機輔助藥物設計🧏🏻‍♂️、鉀通道結構與功能的關系、磷脂-蛋白相互作用等。

 

 

圖1. EON体育4平台模擬了鉀通道在不同細胞膜環境中的功能差異,揭示了膜環境對鉀通道結構與功能的影響,並提出了新的門控機製模型(Nat. Commun.)。

2,機械力敏感的離子通道👨‍🦯:有一些離子通道能夠感受施加在細胞膜上的機械力✡︎,這些離子通道往往與感知覺相關(如觸覺、嗅覺、本體覺等等)👩🏼‍✈️,是有極大潛力的藥物靶點,比如近年獲得諾貝爾獎的Piezo蛋白🍗。EON体育4平台針對特定體系,發展多尺度模擬技術與方案,探究這類通道感受機械力的一般規律;設計具有結合特異性的小分子☣️,用於實驗研究或藥物開發😽🧑🏼‍🤝‍🧑🏼。

圖2. 用於機械力敏感通道MscS模擬的一種多尺度模型🍬。

 

 

代表論著

  • •  

    R.-X. Gu, and B. L. de Groot. Central Cavity Dehydration as A Gating Mechanism of Potassium Channels. Nature Communications, 2023, 14:2178.
     

    •  

    R.-X. Gu, and B. L. de Groot. Lipid-Protein Interactions Modulate the Conformational Equilibrium of a Potassium Channel. Nature Communications, 2020, 11:2162.

    •  

    R.-X. Gu#, S. Baoukina#, and D. P. Tieleman. Phase Separation in Atomistic Simulations of Model Membranes. Journal of the American Chemical Society, 2020, 142 (6), 2844-2856.

    •  

    R.-X. Gu, S. Baoukina, and D. P. Tieleman. Spontaneous Cholesterol Flip-Flop in Membranes with Coexisting Domains. Journal of Chemical Theory and Computation, 2019, 15 (3), 2064-2070.

    •  

    R.-X. Gu, H. I. Ingólfsson, A. H. de Vries, S. J. Marrink, and D. P. Tieleman. Ganglioside-Lipid and Ganglioside-Protein Interactions Revealed by Coarse-Grained and Atomistic Molecular Dynamics Simulations. Journal of Physical Chemistry B, 2017, 117 (20), 6042-6051.

  • •  

    R.-X. Gu, L. A. Liu, and D. Q. Wei. Structural and Energetic Analysis of Drug Inhibition of the Influenza A M2 Proton Channel. Trends in Pharmacological Sciences, 2013, 34 (10), 571-580.

    •  

    R.-X. Gu, L. A. Liu, D. Q. Wei, J. G. Du, L. Liu, and H. Liu. Free Energy Calculations on the Two Drug Binding Sites in the M2 Proton Channel. Journal of the American Chemical Society, 2011, 133 (28), 10817-10825.

    •  

    H. R. Arias#, R.-X. Gu#, D. Feuerbach, B. B. Guo, Y. Ye, and D. Q. Wei. Novel Positive Allosteric Modulators of the Human α7 Nicotinic Acetylcholine Receptor. Biochemistry, 2011, 50 (23), 5263-5278

獲獎情況

  • 2019-2020 洪堡學者基金(博士後)
  • 2015-2018 Canadian Institutes of Health Research (CIHR) 博士後基金
  • 2015-2017 Alberta Innovates: Health Solutions (AIHS) 博士後基金
  • 2016 上海市優秀博士學位論文
  • 2014 Create Training Program in Bionanomachines 博士後基金
  • 2023.01-2026.12 基於虛擬位點的多尺度力場開發及其在脂質-蛋白相互作用研究中的應用(項目批準號32271291)⇢,國家自然科學基金面上項目,主持
  • 2022.08-2027.07 與感知覺相關的機械力敏感例子通道分子機製研究(項目編號2022ZD0207400),科技創新2030-腦科學與類腦研究重大項目,子任務負責人
  • 2022.01-2024.12 鉀通道中疏水門控工作機製的計算模擬研究 (項目批準號22107070), 國家自然科學基金青年項目, 主持
  • 2021.10-2023.09 脂雙層膜調控離子通道結構與功能的分子機製 (項目編號21PJ1405100), 上海市浦江人才計劃, 主持
  • 2021.12-2026.11 含氮類新分子的生化反應設計與合成生物系統創建 (項目編號2021YFA0911500),國家重點研發計劃(合成生物學青年項目), 子任務負責人

承擔項目

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