由德林

長聘教授

  • 電話:+86-021-62932943
  • 郵箱:dlyou@sjtu.edu.cn
  • 實驗室網址:http://mml.sjtu.edu.cn/
  • 從事DNA大分子磷硫酰化修飾和微生物天然產物生物合成研究,在PNAS、Nature Commun、Cell Chem Biol等期刊發表論文50余篇,歡迎生物化學、微生物學、合成生物學等背景的本科生、研究生和博士後加盟。

學術經歷

  • 1998-2001年,吉林大學🍢,生物化學與分子生物學博士

  • 2001-2003年,北京大學生命科學EON4🏊🏼🧏🏿‍♂️,博士後
  • 2010-2011年,麻省理工EON4生物工程系,訪問學者
  • 2003年-至今,EON体育4平台,副教授🤲🏿,教授,長聘教授

研究方向

微生物天然產物的生物合成

以具有新穎結構🆎、獨特生理活性的微生物次級代謝產物為研究對象,綜合運用生物化學、分子遺傳學和化學生物學等手段,開展微生物次級代謝產物的分離鑒定🍻、生物合成基因簇的克隆、生物合成途徑和調控機製及生物活性與功能的研究,並在此基礎上開展活性天然產物的結構修飾和組合生物合成改造🚨🏄🏻。目前集中在微生物天然產物xantholipin、piericidin、chlortetracycline、agri-antibiotic 120(anisomycin 和tetramycin)和candicidin的生物合成途徑和酶反應機製研究。

DNA磷硫酰化修飾

在DNA 骨架上發現DNA磷硫酰化生理修飾結構基礎上📞,以表觀遺傳學領域的新技術和新方法,研究新型表觀遺傳修飾-DNA磷硫酰化的生物化學途徑和全基因組上的修飾序列特征,並深入探索這種新型表觀遺傳修飾在細胞防衛、基因表達調控等方面潛在的生理功能。

代表論著

  • •  

    Li J, Chen Y, Zheng T, Kong L, Zhu S, Sun Y, Deng Z, Yang L*, You D*. Quantitative mapping of DNA phosphorothioatome reveals phosphorothioate heterogeneity of low modification frequency. PLoS Genet. 2019, 15(4):e1008026.

    •  

    Zheng X, Cheng Q, Yao F, Wang X, Kong L, Cao B, Xu M, Lin S, Deng Z, Chooi YH*, You D*. Biosynthesis of the pyrrolidine protein synthesis inhibitor anisomycin involves novel gene ensemble and cryptic biosynthetic steps. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017,114(16):4135-40.

    •  

    Kong L, Zhang W, Chooi YH, Wang L, Cao B, Deng Z, Chu Y, You D*. A Multifunctional Monooxygenase XanO4 Catalyzes Xanthone Formation in Xantholipin Biosynthesis via a Cryptic Demethoxylation. Cell Chem Biol. 2016, 23(4):508-16.

    •  

    Zheng T, Jiang P, Cao B, Cheng Q, Kong L, Zheng X, Hu Q*, You D*. DndEi exhibits helicase activity essential for DNA phosphorothioate modification and ATPase activity strongly stimulated by DNA substrate with a GAAC/GTTC motif. J Biol Chem. 2016, 291(3):1492-500. 

    •  

    Cheng Q, Cao B, Yao F, Li J, Deng Z, You D*. Regulation of DNA phosphorothioate modifications by the transcriptional regulator DptB in Salmonella. Molecular Microbiology 2015, 97(6): 1186-94.

  • •  

    Cao B, Chen C, DeMott MS, Cheng Q, Clark TA, Xiong X, Zheng X, Butty V, Levine SS, Yuan G, Boitano M, Luong K, Song Y, Zhou X, Deng Z, Turner SW, Korlach J, You D*, Wang L*, Chen S*, Dedon PC. Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modification of short consensus sequences. Nature Communications 2014, 5: 3951.

    •  

    Zhu T, Cheng X, Liu Y, Deng Z, You D*. Deciphering and engineering of the final step halogenase for improved chlortetracycline biosynthesis in industrial Streptomyces aureofaciens. Metabolic Engineering 2013, 19:69-78.

    •  

    Zhang W, Wang L, Kong L, Wang T, Chu Y, Deng Z, You D*. Unveiling the post-PKS redox tailoring steps in biosynthesis of the type II polyketide antitumor antibiotic xantholipin. Chemistry & Biology 2012, 19(3):422-32. (Cell Press journals)

    •  

    Liu Q, Yao F, Chooi Y, Kang Q, Xu W, Li Y, Shao Y, Shi Y, Deng Z, Tang Y*, You D*. Elucidation of piericidin A1 biosynthetic locus revealed a thioesterase-dependent mechanism of α-pyridone ring formation. Chemistry & Biology 2012, 19(2):243-53. (Cell Press journals)

    •  

    Xu T, Yao F, Zhou X, Deng Z*, You D*. A novel host-specific restriction system associated with DNA backbone S-modification in Salmonella. Nucleic Acids Res. 2010, 38(20): 7133-41.

獲獎情況

  • 2008年入選首屆EON体育4晨星青年學者獎勵計劃(A類);2012年獲得明治生命科學獎(科學獎)💤,入選上海市浦江人才計劃🤬。
  • 作為項目負責人先後主持國家自然科學基金重點及面上項目9項、國家高技術研究發展計劃項目(863計劃) 3項🤸🏿、國家重點基礎研究發展計劃項目(973計劃)子課題1項和上海市自然科學基金項目1項。

承擔項目

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