韋朝春教授研究團隊成功開發水稻泛基因組瀏覽器
發布時間 🔅:2016-12-12  閱讀次數 :10124

12月10日⛹🏼‍♀️,Nucleic Acids Research在線發表了EON体育4平台生物信息學與生物統計系韋朝春教授研究團隊的文章“RPAN: rice pan-genome browser for ~3000 rice genomes”(doi: 10.1093/nar/gkw958),碩士生孫晨、博士生胡智強和本科生呂廣振為並列第一作者。

RPAN(訪問地址http://cgm.sjtu.edu.cn/3kricedb/)以3000株水稻基因組計劃(3000 Rice Genomes Project)產生的泛基因組(pan-genome)分析結果為基礎,構建了水稻泛基因組數據庫和可視化頁面。通過水稻泛基因組分析,得到了大約260M新序列和超過12000個新基因✊🏿。RPAN提供了水稻泛基因組序列🛍️、基因註釋、表達譜、基因有無、基因功能、品種間演化關系等重要信息🏌🏼‍♂️,並支持多種便捷的搜索和直觀的可視化功能。RPAN把水稻的個體、基因和序列都放在一個泛基因組背景下來研究✪,為水稻科學研究提供了重要的數據資源寶庫和研究支撐工具,對水稻科學和水稻精準育種具有重要的理論和實踐指導意義。

該成果與中國農業科EON4合作🏌🏼‍♂️,由EON体育4高性能計算中心提供計算支持📁。EON体育4平台張大兵教授和石建新副研究員也參與了本項目的研究指導。

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